福建中医学院附属第二人民医院创建于1990年，又名福建省第二人民医院，福建中医学院第二临床医学院。经过十多年的发展，已成为集医疗、教学和科研为一体的综合性中医医院。
福建省中医学院附属第二人民医院本部开放床位432张，年门诊病人逾80万人次。员工1122人，其中正、副主任医师、教授82人，博士、硕士74人。
福建省中医学院附属第二人民医院临床科室齐全，脾胃、康复、推拿、肾病、肛肠为重点专科专病，脾胃、康复、心力衰竭、中西医结合脑血管病、肾病为福建省中医重点专科。体检中心、康复中心、血液净化中心跻身省内领先医疗特色专业。中医骨伤病学专业也是我省"211"工程单一的中医临床重点学科。肿瘤、泌尿、肛肠、乳腺、颈椎病、老年医学、肝胆外科、医学美容、微创、影像等专业的诊疗技术也有突出的优势。逆行性胰胆管造影(ERCP)、腹腔镜、宫腔镜、关节镜、泌尿系结石和前列腺疾病的腔镜、消化道肿瘤、肿瘤围手术期中药治疗等技术已达到国内先进水平。
福建中医药研究院临床研究所、福建中医学院针灸研究所、福建正清司法鉴定所等研究所和研究机构挂靠我院。建有两个国家中医药科研二级实验室、一个中心实验室、一个干细胞实验室。近年来承担卫生部、科技厅等大量科研课题，在国家、省级以上专业刊物发表的论文及获得的国家、省部级等科研成果奖的数量名列全省中医系统前列。开展包含DNA测序、干细胞、指纹图谱的科研实验。
福建中医学院第二临床医学院下设13个临床教研室、2个博士学位授权点和6个硕士学位授权点，每年还招收培养博士和硕士学位研究生40名。
福建省中医学院附属第二人民医院十分重视加强国际学术交流，每年均派出多名管理人员及技术骨干赴国外及港、澳、台地区学习、考察和学术交流。同时，还邀请国外专家来院进行讲座、学术交流。
福建省中医学院附属第二人民医院拥有万元以上设备500余件，总值1.5亿元。包括核磁共振、多层螺旋CT、血管介入造影系统、百胜DU8彩超、激光碎石系统、全身骨密度仪、激光美容系统、彩色多普勒仪、DNA测序仪、贝克曼大型全自动生化分析仪等。
福建省中医学院附属第二人民医院具有浓厚的中医特色，研制的中医药制剂达200多种。中药处方量每月逾两万张。
福建省中医学院附属第二人民医院先后被授予全国卫生系统先进集体、全省先进基层党组织、福建省直精神文明单位等称号。医院全体医务人员秉承“想病人所想，做病人所想，一切以病人为中心”的服务理念，竭诚为海内外人民的健康提供优质的服务。
二化分院：原福州二化集团有限公司职工医院 ，成立于 1978 年， 是福州地区少有的国有企业综合性 “二级乙等 ”医院。占地面积5175平方米，设床位 150 张，年门诊量15 万人次。有在册职工 93 人，设有 : 急诊科，内科、外科、手外科、妇产科、小儿科、五宫科、理疗康复科、中医科 、药剂科、检验科、放射科、影像功能检查科等，在治疗化学物中毒、断指再植、液氮冰冻技术治疗宫颈疾病和皮肤赘生物等方面有明显技术优势。